Thực tiễn triển khai cho thấy, nếu không được quản lý chặt chẽ và thực hiện một cách cẩn trọng, các chương trình liên kết rất dễ phát sinh hệ lụy, ảnh hưởng trực tiếp đến quyền lợi học sinh, phụ huynh và tính công bằng trong giáo dục phổ thông.
Việc bỏ Hội đồng trường tại các cơ sở giáo dục công lập theo Nghị quyết 71-NQ/TW được xem là phù hợp vào thời điểm này để hướng tới việc tinh gọn bộ máy hành chính, tiết kiệm chi phí và thời gian. Điều này cũng phù hợp với thực tiễn hoạt động của các nhà trường khi việc nhất thể hóa giúp người đứng đầu chủ động, sáng tạo trong quản lý và điều hành hoạt động chuyên môn.