Câu chuyện về môn học tích hợp ở bậc THCS đã tạo nên những tranh luận ngay từ khi mới bắt đầu xây dựng Chương trình giáo dục phổ thông 2018. Đến nay sau 2 năm triển khai môn học này, Bộ Giáo dục và Đào tạo dự kiến sẽ có những điều chỉnh đối với việc dạy và học nhưng sẽ không gây xáo trộn hay ảnh hưởng tới sự chuẩn bị của giáo viên.
Giảng dạy môn tích hợp, giáo viên phải gồng mình là thực tế triển khai Chương trình giáo dục phổ thông 2018 (GDPT mới) suốt 2 năm học qua. Năm học 2023-2024 cũng là năm thứ 3 tiếp tục thực hiện chương trình GDPT mới ở cấp THCS. Tuy nhiên, những bất cập về các môn học tích hợp vẫn là những thách thức đối với nhà trường, giáo viên và học sinh.
Sau thời gian triển khai, việc dạy môn tích hợp theo chương trình giáo dục phổ thông mới đang bộc lộ bất cập từ khâu chọn SGK đến bố trí đội ngũ giáo viên.