Qua thời gian triển khai, Đề án 1 triệu hecta lúa chất lượng cao, phát thải thấp vùng Đồng bằng sông Cửu Long đã đạt được những thành công nhất định. Song nông dân lại đang phải đối mặt với khó khăn trong việc liên kết, tiêu thụ sản phẩm từ vùng sản xuất lúa chất lượng cao, phát thải thấp.